Tras las vacaciones veraniegas, Winx Club regresa a Alfea para empezar su segundo año.
Se encuentran con una nueva hada, Layla, quien les pide ayuda para rescatar a sus amigos Pixie, a quienes Lord Darkar ha tomado como rehenes.
De hecho, Lord Darkar es “La sombra Fénix” y quiere tomar el control del reino mágico.
Para ello, tiene que encontrar la aldea de Pixies para poder robar el Códex de cuatro piezas,
que abre el portal del Reino de Realix, donde se encuentra el Poder Mayor.
Las Trix también se encontrarán con Lord Darkar, a quien servirán.
Mientras tanto, el Winx Club se enterará de cómo obtener su Charmix.
Una nuevo “profesor” llega a Alfea y convierte a Bloom en Bloom Maléfica para que sea la sierva de Lord Darkar.
Pero, en el último momento, Sky confiesa lo que realmente siente por Bloom, lo que hace que Bloom Maléfica vuelva a ser normal. Después, Bloom cura a todo el mundo y derrota a Lord Darkar.