Winx Club empieza su tercer año en Alfea y las chicas aprenden sobre las transformaciones únicas de Enchantix. Las han conseguido tras sacrificarse por alguien de su propio mundo.
Layla: Estando en Andros, pierde la vista luchando con Valtor. La reina de las sirenas posee un cetro mágico con el que le dice que podría recuperar la vista. Pero en un intento de salvarla resulta herida y Layla prefiere salvarla a ella que recuperar la vista y gana el Enchantix.
Stella: En la arruinada fiesta de Eraklyon, salva a su padre de unos feroces dragones.
Musa: Las Trix asaltaron la biblioteca secreta de Alfea y se provocó un incendio terrible. Galatea, la princesa de Melodía, quedó atrapada en el fuego y Musa la rescató, ganando el Enchantix.
Flora: En Linphea, buscando un antídoto para Faragonda, la hermana menor de Flora (llamada Miele) cayó al agua y Flora se sacrificó por ella, dispuesta a morir ahogada para salvarla, ganando el Enchantix.
Tecna: Cerró el portal de la dimensión Omega en Andros y ganó el Enchantix.
Bloom: Fue la última en obtener el Enchantix. Mediante su fuerza de voluntad y con ayuda de Maya, gana el Enchantix en Pyros, la isla de los dragones. Sus poderes fueron incompletos porque no salvó a nadie de su planeta pero se completaron todos los poderes en la primera película, cuando salva a su planeta natal.
Mientras tanto, las Trix, que habían desaparecido y habían ido a la Dimensión Omega, escapan con Valtos, un hechicero en parte responsable por la destrucción de Domino, el reino hogar de Bloom. Se deciden a cooperar y planean invadir varias zonas en el reino de Magix en busca de venganza sobre aquellos que los encarcelaron al robar los tesoros mágicos y las fuentes de poder de cada reino.
Para encontrar la fuerza opuesta al Fuego del Dragón (porque Valtor está potenciado a este poder) las Winx debieron adentrarse en el mundo primitivo del Universo: el Reino Dorado.
Allí se encontraron con las criaturas primitivas de la existencia y, después de que Tecna, Stella y Musa superan la prueba del laberinto de cristal y entregan lo que más aman (o desean), las Winx consiguieron las Estrellas de Agua, que fueron útiles para la lucha contra Valtor.
Tecna: al llegar a la salida del laberinto se encuentra con Arcadia custodiando dos puertas. Ésta le dice que una puerta conduce a las Estrellas de Agua, pero al entrar por esa debe renunciar a todos sus sentimientos. Ella al ver en una puerta a Timmy se despide de él, y cruza la puerta para conseguir las Estrellas de Agua.
Stella: en el final del laberinto le espera también Arcadia y le dice que para conseguir la Estrella debe renunciar a su cara y ella lo hace.
Musa: cuando llega al final del laberinto se enfrenta a la más difícil decisión de escoger entre las Estrellas y volver a ver a su madre (que es lo que ella más desea), se despide de su madre y se va para conseguir las Estrellas.
Después cuando Arcadia les da las Estrellas les dice que al ser solo una prueba, Tecna y Stella recuperan sus sentimientos y su cara, respectivamente; y a Musa le dice que su madre siempre vivirá en su corazón (tras lo cual ella sonrie).
Finalmente Bloom debe visitar a las antiguas hechiceras para obtener información sobre si es verdad que sus padres están cautivos en el cuerpo de Valtor y una vez mas, mintió.
Sabiendo que Valtor es un mentiroso y con las Estrellas de Agua, las Winx quieren destruir a su enemigo de una vez por todas. Valtor, furioso, desata el conjuro de los cuatro elementos: fuego en Alfea, agua en Torre de Nubes, tierra en la ciudad de Magix y aire en Fuente Roja.
Valtor está dispuesto a destruir todo, pero Bloom lo detiene finalmente extiguiendo el Fuego del Dragón.
La paz vuelve a Magix y una gran celebración espera a las Winx en Alfea.