La película comienza con el inicio del nuevo año escolar en Alfea. Allí, la directora de Alfea, la señorita Faragonda, y la directora de Torre de las Nubosa, la señorita Griffin celebró una fiesta de celebración, promoviendo así hadas y brujas a los estudiantes a hacer lo mejor posible en la escuela (o el peor de los casos). Al mismo tiempo, el canal de TV Oficial de Magix también se presentó a cubrir el evento. El noticiero también comentó acerca de las Winx y los especialistas frente a las brujas ancestrales y derrotándolas en Obsidian, y, a su vez, la restauración de Domino a su antigua gloria. La participación de Bloom y Sky se mencionó. El Rey y la Reina de las chispas y los padres biológicos de Bloom, el rey Oritel y Marion Queen, que parecía ser muy feliz.
Los estudiantes celebran comiendo la comida que se sirve en el buffet. Por desgracia, la comida había sido puesto bajo un hechizo de las brujas como una broma. Cualquier persona que se comió la comida se convirtieron todos en ranas, incluida la mujer ancla de las noticias de televisión. El Trix decidió utilizar la distracción como una cubierta, a escondidas en la escuela con el fin de robar una brújula mágica. Pero las Winx (excluyendo Roxy y Bloom) apareció, se enfrentó a los tres brujas y comenzó una batalla mágica entre los dos equipos. Si bien helada y tormentosa mantuvo el Winx cinco ocupados, Darcy se coló fuera a robar la brújula. El Trix con éxito robó el compás mágico y huyó, dejando a las Winx para limpiar el fiasco.
La película desplazó al Reino de Domino, donde Bloom despertó para admirar su reino recién restaurado junto a su amado Kiko. Sus doncellas hiper reales interrumpió su mañana sereno frenéticamente por su cuidado del cuerpo. Bloom huyó con disgusto después de que la obligaron a comer un pescado crudo.
Abrumado por las atenciones, Bloom expresó su malestar de la vida real a su hermana muerta, Daphne, cuyo espíritu vive en el lago interior del palacio. Daphne le aseguró que tomaría tiempo para que se acostumbre a ella.
Después de la conversación, los padres de Bloom llevarla al jardín real en el que le dio
un caballo llamado Peg como un regalo.
Después de un paseo, Bloom se reunió Sky y pasaron el día juntos. Por fin, el cielo le pidió que se casara con él para que ella aceptó con gran alegría.
Mientras tanto, el Trix fue al encuentro de las Brujas Ancestrales y se lamentó de que Bloom, Daphne, y el Cielo los derrotó en el Secreto del Reino Perdido. Darcy les da la brújula mágica que le robó a Alfea y les muestra lo que necesita se puede encontrar en la aldea Pixie.
Más tarde, Erendor se ve a sí mismo preocupante frente a un mosaico mágico de una ciudad de oro al cielo llega a anunciar su compromiso a Bloom. En lugar de estar lleno de alegría, Erendor se enfureció y prohíbe a su hijo de casarse con Bloom, porque ella es la hija de Oritel. Sky Insatisfecho, exigió la razón, pero la única pista que su padre le dio fue un mensaje en una caja de cristal y diciendo que era su culpa que Sparks sufrido. Él creía que la única manera de reparar el daño fue nunca casarse con el heredero de Sparks y esperaba que ella va a olvidarse de Sky. Sin darse cuenta de la situación, Bloom y su familia están felices para la preparación de la boda por hacer una lista de invitados de largo (en nombre Oritel) y un vestido de novia de largo (en nombre de Marion). Dos días más tarde, Bloom recibió una llamada del cielo que parecía haber dejado a causa de los deseos Erendor. Devastado, Bloom se encerró en su habitación mientras sus padres y sirvientas reales compartió su dolor. Humillados, Oritel tiene el extremo corto del palillo y se cree que Sky es un rey indigno de confianza, a diferencia de su padre. Contra la advertencia de su esposa, Oritel decidió tomar medidas al anunciar que su hija se casara con otro hombre. Cuando Stella y los demás escucharon la noticia de sus mundos de origen, se apresuraron a reunirse Bloom al día siguiente.
Al día siguiente, Bloom se sorprende al escuchar que su padre le ordenaba a elegir un nuevo marido para casarse. Aún creyendo que Sky es el indicado para ella, ella busca la ayuda de sus amigos. Las chicas se le ocurrió una idea para hacer a Bloom aparecer como fea y friki, con la esperanza de que su plan haría que los pretendientes a su vuelta abajo. Para su decepción, el primer pretendiente resulta ser un príncipe friki que encuentra atractiva a Bloom. Después de rechazar todos los príncipes, Sky hizo una aparición (disfrazado). Al reconocerlo inmediatamente, Bloom alegremente le dio un beso después de que él se comprometió a encontrar una manera para que estén juntos de nuevo. Por desgracia, el rey Oritel también vio a través del disfraz exiguo de Sky y saltó a la conclusión de que llegó a jugar con los sentimientos de su hija. Pese a la insistencia de Bloom en dejar Sky hablar por su defensa, Oritel desterró a Sky de su reino y prohibio a su hija volverlo a ver. Decepcionado por su fracaso para mostrar la confesión del rey Erendor, Sky se fue. Furiosa, Bloom fue tras él, con la elección de él sobre su reino. Después de que Sky se fue con su caballo, Bloom se cansó de su vida incómoda en Domino.
Ella y sus amigas utilizan su poder de teletransportarse Zoomix y regresan a casa a Gardenia con los padres adoptivos de Bloom.
Mientras tanto, el Trix utiliza la brújula mágica robada para encontrar el Árbol de la Vida mágico escondido cerca del pueblo Pixie. Atacaron a los duendes poco antes de que se estaban estableciendo las linternas de sus aldeas y se trasladó a destruir el Árbol de la Vida. Usando la magia de las brujas ancestrales, el Trix inclinó la balanza de la magia por abrumadora la magia positiva con la negativa.
De este modo, toda la magia bien en el universo desaparecido. Todas las hadas son indefensos y sin magia, incluyendo las Winx en la Tierra. Sin sus poderes para luchar o teletransportarse, el Winx tuvo que permanecer en Gardenia y hacer frente a las compras y hacer las tareas del hogar con la mano (para gran incomodidad de Stella). Al mismo tiempo, Bloom no puede dejar de pensar en Sky. Mientras tanto Oritel sigue despotricar sobre cómo Sky "tiene que ser castigado" por su supuesto delito y culpa a él por Bloom salir de su casa. Marion llega a él después de leer la nota de confesión Erendor y hace Oritel leerlo. Ella le dice que le deben una disculpa Sky. Cuando Oritel finalmente leyó la carta, sus ojos se abrieron, dándose cuenta de lo que había hecho. No fue culpa de Sky que salió de su casa Bloom, que era la suya.
Pero aún así, Bloom no puede dejar de pensar en Sky, como en casa de sus padres biológicos y sus padres adoptivos están hablando el uno al otro, ya que Oritel y Marion sienten que no son capaces de entender a su hija, ya que no estaban con ella durante el primeros momentos de su vida. Cuando Bloom llega a su casa, ella está sorprendida y enojada para ver Oritel en la Tierra, después de que él le prohibió ver a Sky. Oritel intenta disculparse a Bloom por lo que hizo a Sky, pero Bloom se niega a darle la hora del día, tal como lo hizo cuando Sky intentó hablar en su defensa antes. Ella les dice que ella va a Eraklyon para salvar la dimensión mágica y se va, junto con las Winx y los especialistas.
Las antepasadas, sin embargo, no son capaces de obtener el poder absoluto mal que querían del Árbol de la Vida, ya que hay un brote de la buena magia sigue presente en él. Piden al Trix para ir a conseguir un reloj de arena de Erendor mágico que contiene el polen del árbol de la vida que le dieron para proteger a su reino del mal a cambio de lo que les ayudan a destruir Domino.
Las Winx y los especialistas llegan a Eraklyon, donde se reúne Aisha Nabu y el Cielo les dice que van a tener que ir a Havram, la ciudad encantada, donde nada funciona normalmente como en todas partes, para traer de vuelta la esencia del bien en la dimensión mágica. Ellos usan un hidroavión para llegar allí, ya que no como tecnología trabaja en Havram, las naves espaciales de Fontana Roja será inútil. En el camino, Cielo le dice a Bloom que cuando Oritel fundó la Compañía de Luz, su padre, Erendor, el entonces rey de Eraklyon, prometió Oritel que le ayudará a defender su planeta de las antepasadas hasta que la Compañía de Luz volvería. Sin embargo, las tres brujas viejas en vez destruido Havram, que hasta entonces era la ciudad más magnífica de Eraklyon para asustar Erendor. Luego amenazó Erendor de destruir el resto de su reino y con fuerza hizo un trato con él. El trato era que, a cambio de romper su promesa de Oritel y permitiendo que las brujas para destruir Domino las antepasadas que perdonó a su reino y le de un reloj de arena mágico lleno del polen del Árbol de la Vida, el Árbol del Bien y del Mal, lo que proteger su reino a partir del flujo de la energía oscura, que sería puesto en libertad y engullir muchos reinos cercanos cuando Domino serían destruidos, y aceptó Erendor. Cuando las Brujas Ancestrales destruido Domino, Erendor efectivamente no hice nada. Más tarde, lleno de remordimientos, se fue a Havram, la ciudad perseguido por las sombras, donde tiró el reloj de arena mágico para destruirlo. En su lugar, una ramita mágica creció allí con la capacidad de restaurar el equilibrio mágico de la Dimensión Mágica espalda.
Por otra parte, el Winx ahora tienen que entrenarse en la lucha como especialistas, ya que ya no tienen poderes. Sin embargo, son atacados en el barco por clones malvados de ellos mismos y por las nubes, controlados por las brujas ancestrales, que hacen que el barco para ir por mal camino, hasta que los miembros de la tripulación logran provocar a aterrizar en la isla donde se encuentra Havram.
En el palacio de Eraklyon, Erendor es atacado por el Trix, que han ido a solicitar la devolución del reloj de arena de las antepasadas le dio, como las Winx y los especialistas tienen que encontrar su camino en la ciudad laberíntica de Havram. Erendor, por su parte es rescatado por Oritel, que había venido a hablar con él, pero termina revelando al Trix que lo que buscan es a Havram. Atacado por las sombras una vez que han encontrado el camino, el grupo es atacado por el Trix y las antepasadas cuando Oritel llega para ayudar a las Winx y los especialistas. Pero Icy tiene Erendor es su cautiverio, y amenaza con hacerle daño si Oritel trata de hacer algo. Bloom y Sky finalmente encontrar la plántula mágico, pero son atacados por Icy, que lanza Erendor en una grieta en el suelo. Pero Erendor es salvado por Oritel. Icy luego lo ataca y hace que ambos amigos a caer a través de otro crack, pero ojalá Oritel logra agarrarse a las paredes de las grietas, ahorrando tanto a él como Erendor de la muerte. Icy luego procede a atacar a Peg, a quien atrapa en el hielo, y Bloom, pero termina golpeando la plántula mágico, pensando que al destruir la planta de semillero que destruiría la magia positiva restante. Como resultado, sus antepasadas obtener polen enfadado con ella, y mágico de la germinación empieza a propagarse, permitiendo que las Winx para usar su magia otra vez. Las chicas Winx otros especialistas, que estaban siendo atacados en la ciudad de Stormy y Darcy logran llegar a la parte de la ciudad donde Bloom, Sky, Oritel, Erendor, Icy y antepasadas son.
Peg, que logró liberarse cuando el polen liberado por la ramita derretido helado de hielo, se come parte de la plántula y se convierte en un vuelo de unicornio.
Las Winx luego se transforman en sus formas Believix y empezar a luchar con el Trix.
Al ver el Trix incapaz de luchar y como castigo por haber arruinado su plan, las antepasadas tratar de poseer el Trix que tratan de huir en vano, ya que son rápidamente atrapados por las tres viejas brujas, quienes los poseen, también aumentando sus poderes y vuelta ellos en el Super-Trix. Las Winx luego tienen gran dificultad en los combates, e incluso Dragón de Fuego de Bloom se equipara al Dragon de Hielo de Icy-belladone (o posiblemente Obsidiana dragón), y Bloom es expulsada a la tierra donde ella estaba a punto de ser golpeada por el ataque de Icy, cuando Erendor se pone entre Bloom y Icy poseída para protegerla. El ataque golpea a Erendor en su lugar, y él está herido de gravedad. Oritel y Sky deciden luchar juntos cuando Erendor se desmaya y vuela con Peg, Oritel usa su espada mágica para atacar a las brujas con el fin de distraerlas y debilitarlas.
Las seis chicas Winx luego proceden a utilizar una convergencia Believix para convocar a todo el poder del Gran Dragón y atacar a las brujas. El hechizo Winx golpea a las Trix, obligando a las antepasadas a salir de sus cuerpos y a ser destruidas para siempre.
Las Trix caen al suelo, inconscientes, y son amarradas por Helia.
Después de la batalla, sin embargo, las Winx pierden sus poderes de nuevo. Oritel, que había recogido algo del polen magico en su espada lo usa para curar Erendor que muestra un acto de generosidad como él podría haber usado para restaurar el árbol de la vida esto, junto con el sacrificio Erendor por Bloom logró reactivar la potencia del Bien de nuevo a través de todo el Universo, restaurando los poderes de las chicas para siempre. El equilibrio mágico de Árbol de la Vida es restaurado, con la mitad de ella de haber magia negra que fluye en ella, y la otra mitad después de haber buena magia que fluye en ella. Las chicas se transforman en Believix, Havram convierte en una ciudad-jardín como lugar de una ciudad encantada, Oritel y Erendor reconciliar y de acuerdo con permitir Sky y Bloom casarse. Por último, los especialistas, Oritel y Erendor dejar Havram para Eraklyon continental en la nave voladora, con las Winx vuelan a su alrededor y las burlas a los vencidos Trix, que están suspendidas en el mástil de la nave y luchando furiosamente.